Pode, desde que o certificado SSL tenha sido emitido especificamente para o subdomínio que deseja utilizar.
Exemplo: Você tem o subdomínio loja.seusite.com.br e adquiriu o certificado SSL especificamente para ele (inserindo este endereço - loja.seusite.com.br - como domínio), então é possível utilizar.
O que não é possível fazer é adquirir um certificado para www.seusite.com.br e querer utilizá-lo em loja.seusite.com.br
O certificado só é válido para o domínio específico para o qual foi emitido (e diretórios dentro dele). Não é válido para subdomínios.
Para que fique mais claro veja os exemplos abaixo:
1- Você adquiriu um certificado para www.seusite.com.br e querer utilizá-lo também em www.seusite.com.br/loja/. Isto é possível porque a pasta "loja" está dentro do domínio www.seusite.com.br
2- Você adquiriu um certificado para www.seusite2.com.br e querer utilizá-lo também em loja.seusite2.com.br. Isto NÃO é possível porque o endereço loja.seusite2.com.br é um subdomínio
Observação: Para que seja possível utilizar um mesmo certificado em seu domínio e em todos os subdomínios que criar, é necessário obter um certificado SSL Wildcard.
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